到10月初时，费德勒已在2004赛季赢得了十个冠军并取得69胜6负的总战绩，他的赛程表上仍然还有四项赛事。他有希望打破另外两项重要的ATP纪录——单赛季最多的单打胜场数（86项）以及单赛季冠军数量（12项），这两项纪录都是奥地利的左撇子泥地球王托马斯·穆斯特在1995年创造的。然而，意外发生了，因为自觉在世界之旅后没有得到充分的休息，费德勒退出了马德里站的赛事。他更希望将精力集中于赢得另一项就像他期望赢得法国公开赛一样的赛事——瑞士室内赛。赛事周一在巴塞尔市政厅举行的开赛典礼上，费德勒情绪良好，语调欢快地告诉汇集而来的记者们，他为这周的赛事做了怎样充分的准备。然而就在几个小时之后，他在一次训练中一定是被“巴塞尔诅咒”瞬间击倒——他突然感到左大腿出现了不同寻常的疼痛。疼痛感在周二的训练中依然挥之不去，他于是很快进行了一次核磁共振检查，确诊为一条肌肉纤维撕裂，一种网球运动员的常见伤病。

取代他长期渴望的在家乡夺冠的是，瑞士室内赛却为他带来了职业生涯中一段最苦涩的时刻。在根据赛程他应该参加首场比赛的“圣雅各布什尔周二”夜晚，他出现在了现场，却穿着一身便装。费德勒退出了赛事，并且向媒体与公众解释着他的遭遇。“我从未想过事情会变成这样，”他说道：“我做了完美的准备，原本有大好机会赢得桂冠。”

费德勒及时恢复了健康，正好可以赶上前往休斯敦去争取卫冕他的网球大师杯赛冠军。…………

至少，费德勒已经从他的大腿伤病中完全恢复了。距离他在曼谷所参加的最后一项赛事已有六周的时间过去，但令人惊讶的是，他没有遇到什么麻烦就很快找到了他的节奏感。费德勒顺利取得了对加斯通·高迪奥（Gaston Gaudio）、莱顿·休伊特和卡洛斯·莫亚的小组赛胜利并打入半决赛，在那里他将面对如今已师从费德勒曾经的教练皮特·朗德格伦指导的马拉特·萨芬。

一个延续了整整27分钟并且被费德勒最终以20比18拿下的第二盘抢七局，成为费德勒与萨芬这场半决赛的高潮。这38分也追平了网球历史上最长的抢七局纪录——与比约恩·博格在1973年温布尔登赛上与普雷米特·拉尔（Premjit Lall）一战以及戈兰·伊万尼塞维奇在1993年美国公开赛上和丹尼尔·内斯特（Daniel Nestor）交手中抢七分数的数量持平。“真糟糕，我们没能打破纪录，”费德勒开玩笑说：“我们原本可以商量好把纪录破了的。”费德勒情绪很好，因为即便他浪费了七个赛点，他同样也顽抗过了六个盘点并最终以6比3和7比6（20比18）赢得了胜利。有趣的是，费德勒实际上在10比9领先时在第三个赛点上就已赢得了这场比赛，电视慢镜头重放显示，费德勒是一次错误的线审判决的受害者。费德勒同样声称：“我甚至看到了萨芬回球在场地上留下的痕迹，那确实出界了。”几乎所有其他的球员都会对如此不公正的判决疯狂地抗议，特别是在比赛如此关键的时刻。然而，费德勒的反应就好像是什么事情都没有发生一般，尽管他可以凭借萨芬的这次失误赢得比赛的胜利。他继续投入到这场恶战之中，并且努力说服自己，萨芬的那一次回球也许真的落在了界内。“否则我一定会疯掉的！”他事后说道。

在另一场半决赛中，罗迪克在休伊特面前垮掉了，他输掉了这场比赛的最后20分并以3比6和2比6败阵。一些尖酸刻薄的家伙指出，罗迪克也许很欢迎这场失利，这样他就可以避免遭受在一年中第四次在决赛中输给费德勒的命运。取而代之的，现在是费德勒在这个赛季中与休伊特的第六次交手，而且连续第六次地，费德勒成为赢家。这场6比3和6比2的胜利给予费德勒连续第13场决赛胜利，打破了他之前与麦肯罗和博格共享的决赛最长连胜的历史纪录。

当费德勒结束了赛后的新闻发布会后在球员休息室里以香槟酒庆祝胜利时，他看上去和任何一位结束了平常一周工作的人没有什么不同。但在这一天，如梦幻般的一年终于宣告落幕。费德勒赢得了包括三个大满贯赛事以及网球大师杯赛在内的11个单打冠军，他的赛季总战绩为74胜6负，标志着自约翰·麦肯罗1984年的82胜3负以来男子网坛的最佳胜率。他赢得了非常丰盛的奖赏，仅仅是在这一周时间里——就像一年前在休斯敦那样——他便获得创造个人纪录的152万美元奖金，并且将赛季总奖金提升到了6,357,547美元。

自从在奥运会上经历了对伯蒂奇的毁灭性的失利之后，费德勒在赛季的剩余时间里保持不败。如今，他已是四次大满贯赛事的冠军得主，并且以世界第一球员的身份结束了这个赛季。在他与米尔卡飞往马尔代夫群岛享受一些休息和放松之前，费德勒还有一个愿望——“我希望让时间停止不前，好让我静静享受这美妙的时刻。”当然了，这个愿望可没有人能够实现。